Структура ЛТО «Трудовой десант» включает в себя:

Отряды. Формируются с учётом возрастных особенностей и интересов обучающихся. Могут быть организованы профильные отряды, специализирующиеся в разных направлениях деятельности: спортивно-оздоровительном, туристическом, трудовом и других.

Временные объединения детей. Создаются для реализации программы смены: спортивная команда, клуб по интересам, творческая мастерская и другие.

Всеобщее детско-взрослое сообщество. Участвует в общелагерных мероприятиях. 

Органы управления ЛТО «Трудовой десант» включают:

Общее собрание. Высший орган самоуправления в лагере. На нём избирается совет лагеря при равном представительстве детей и сотрудников. 

Начальник лагеря. Руководит деятельностью ЛТО, несёт ответственность за жизнь и здоровье детей, ведёт документацию, организует и контролирует воспитательно-образовательную деятельность. 

Воспитатели. Осуществляют содержательную деятельность по плану ЛТО, проводят мероприятия, следят за соблюдением режима дня, правил безопасного поведения, правил пожарной безопасности. 

Ответственные в отрядах. Совместно с воспитателями обеспечивают реализацию общих коллективных дел ЛТО.